Přelomový rok 1989 přinesl mnoho změn nejen v oblasti audiovizuálního umění, ale i v přijímání umění vůbec. Divácká pozornost byla zahlcena trezorovými počiny, které byly znovu uváděny na prestižních místech, svobodu v tvorbě uvítalo mnoho umělců zvýšenou aktivitou a přes hranice se k nám dostávaly snímky, o kterých fanoušci ani netušili. Stejně tak se rozkošatěla i tvorba Jana Švankmajera. A jak už to tak bývá, jejich produkce pocházela z různých zemí. Krátkometrážní snímky ovšem nebyly jedinou aktivitou světoznámého režiséra. V počátcích svobodného života u nás založil filmové studio a skrze svou tvorbu varoval před přílišnou euforií, kterou lidé z nově nabyté svobody prožívali. Nadčasovost jeho apelu můžeme ostatně posoudit i dnes.

Kromě Zamilovaného masa uvedl Jan Švankmajer v revolučním roce na plátna další tři krátkometrážní snímky. Šlo o Tma/Světlo/Tma, Flora a Animated Self-portraits, na kterém spolupracoval s dalšími režiséry. Už v prvním roce po převratu, kdy většina lidí věřila v zázračné zlepšení poměrů, varoval v pozoruhodném snímku Konec stalinismu v Čechách (1990) před přílišným optimismem. Poukazoval nejen na fakt, že ideologie jsou často totožné, ale i na to, že skutečná změna musí přijít v našem přístupu k životu. Po krátkometrážní reflexi konzumní společnosti Jídlo (1992), ve které se ve třech epizodách „snídaně“, „oběd“ a „večeře“ vtipně vyrovnává nejen s našimi stravovacími návyky. Snímek, v jehož  hlavní roli opět vidíme Jana Krause, ovšem předcházel druhému celovečernímu počinu, který byl již nějakou dobu rozpracován.

Lekce Faust (1993) byl podle vlastních režisérových slov nejdelším, nejnáročnějším a největším projektem, na kterém kdy pracoval. Natáčení surrealistického zpracování faustovského příběhu provázelo mnoho těžkostí. Úctyhodné bylo nejen osobní nasazení štábu, ale i výkon Petra Čepka v hlavní roli, který se pro tento projekt vzdal ostatní práce a který už v této době trpěl značnými zdravotními komplikacemi. Jan Švankmajer, který vyšel z loutkářského prostředí, čerpal při tvorbě scénáře svého zpracování známého příběhu ze dvou pramenů. Jednak ze známé hry J. W. Goetha Faust (1891) a také z dramatu anglického autora Ch. Marlowa Tragický příběh doktora Fausta (1601). Faust posbíral hned šest ocenění (včetně právě se rozjíždějícího Českého Lva za nejlepší zvuk, výtvarný počin i mužský herecký výkon v hlavní roli) a šest nominací.

Ačkoliv je bezesporu pozoruhodným počinem i první erotický film, ve kterém se nesouloží Spiklenci slasti (1996), nelze tento snímek zařadit mezi audiovizuální fantastiku. Pozornost ovšem rozhodně zaslouží už nejen svým námětem, ale i zpracováním kombinace hraných a animovaných sekvencí. Další snímek už mezi fantastiku patří. V roce 2000 natočil Jan Švankmajer svou verzi tradiční pohádky o Otesánkovi. Opět sledujeme hororový příběh, ve kterém hrané scény střídají animované a ve kterém je hlavní hrdinkou malé děvče, které dobře zná pohádkové příběhy.

Posledním doposud uvedeným počinem, který natočil Jan Švankmajer, je opět zpracování textů E. A. Poea. Tentokrát jde o povídky Zaživa pohřben a Šílený psychiatr. Horor se odehrává zdánlivě na počátku 19. století a je velikou znepokojivou alegorií dnešního světa. Posunem v režisérově vyjádření je ovšem převaha hraných absurdních scén, které jsou animovanými sekvencemi pouze doplňovány. Mohli bychom opět pokračovat výčtem cen, které film získal, raději ovšem připomeňme, že se jedná o dosud poslední dílo Jana Švankmajera, které se dá zařadit mezi audiovizuální fantastiku.

Význam našeho jediného surrealisty stříbrného plátna nezasahuje pouze naši kinematografii, ale je vpravdě světový. Jeho kombinacemi a animacemi reálu, herců i fantaskních rekvizit se inspirovali tvůrci jako Terry Gilliam či Tim Burton a většina jeho počinů patří do učebnic mladých filmových tvůrců celého světa.